成为“第三次冲击”元凶的碇真嗣，变得像废人一样……真嗣还能振作起来吗？2012年《福音战士新剧场版：Q》之后，这部动画讲述了被封印的故事的后续。

电影在法国开始，反派和空中都市的王子（诹访部顺一配音）带着婴儿在一架飞艇上，空贼潜入飞艇把婴儿劫走，鲁邦三世半路杀出夺宝。

Cherry是个不善与人交谈、一直戴着耳机的少年，他喜欢把无法说出口的心情寄托于俳句中。Smile是个为了把矫正中的大门牙挡起来而一直戴着口罩的少女，身为人气视频上传者的她，看到可爱的东西就会发布视频。这样的两个人在商场相遇了，交…

愚蠢的人类被贪婪所驱使，按下了那枚摧毁文明的按钮。浩劫过后，人类世界退回到暴力血腥的原始阶段，而在这混乱的世道中，拉奥所统领的拳王军所向披靡。当初，拉奥作为大师兄，曾和健四郎一同学习北斗神拳。这个有着1800年历史的暗杀拳法…

在代欧奇希斯（以下代欧）变成防御型态与裂空坐持续激战的同时，拉鲁斯市广播系统昭告大家紧急避难。市民们听到广播后便惊慌疏散。代欧此时又变成攻击型态，并对裂空坐释出攻击。广播持续呼吁民众这并非演习，而小超则在逃窜中的人群当中…

千年一次的彗星之夜里，愿望将会实现……

炎炎夏日来到，春日恭介（古谷徹暂无内容配音）和鲇川圆（鶴ひろみ暂无内容配音）却迎来人生中最重要的时刻。大学入学考试在即，他们为了心中理想的学校各自努力。与此同时，春日和鲇川心中的默契与日俱增，只是谁也不知道明天将会如何。…

照常进行修业之旅的小智（松本梨香暂无内容配音）、小刚（上田祐司暂无内容配音）、小霞（饭塚雅弓暂无内容配音）一行辗转来到水之都奥多马雷参加紧张刺激的水上竞赛。奥多马雷流传着一个精彩的传说，在很久很久以前，岛上的老夫妇捡到一…